性器をいじる行為は、男の子も女の子もよくするものです。
男の子のおちんちんは前に突き出ていますし、ちょうど手を下ろした位置にあるため、何となくいじってしまうということもあるようです。
中には性器をいじるだけにとどまらず、自慰行為(オナニー)のようなことをする子もいて、親がビックリさせられることもあります。男の子の場合は、おちんちんをこするような仕草をする子もいるでしょう。
でも、幼児のオナニーは性的な意味があるものではありませんから、心配いりません。
指しゃぶりなどと同じように、自分の体の感覚を確認している無意識的な行動ですから、厳しく叱ったりすることは逆効果です。
行為に気づいたら、遊び相手になってあげたり、外出して気を紛らわせたりしてみましょう。
親が落ち着いて対応していれば、小学校入学前ころには、自然にしなくなるでしょう。